El COAM está dirigido por la Junta de Gobierno, elegida democráticamente por los colegiados, cuya función es administrar y fijar las directrices de las actividades colegiales. La Junta está compuesta por nueve miembros y presidida por el Decano, cuya misión principal es representar al COAM ante cualquier organización. El Secretario y el Tesorero asumen, respectivamente, la responsabilidad de la gestión administrativa y económica. La Junta se completa con las figuras del Vicedecano, y cinco vocales.

Las elecciones a Junta de Gobierno se celebran cada tres años, siendo elegibles todos los colegiados que estén en pleno uso de sus derechos, formen parte de una candidatura y no incurran en alguna de las causas de incompatibilidad recogidas en los Estatutos del COAM. Las candidaturas se presentarán formando listas cerradas, ordenadas y completas que deben contar con el aval de veinte colegiados.