El COAM cuenta con órganos que asesoran y apoyan a la Junta de Gobierno en toma de decisiones y desarrollan los acuerdos alcanzados por esta o la Junta de Representantes. Estos órganos dependen jerárquicamente de la Junta de Gobierno a excepción de la Comisión de Deontología y la Comisión de Recursos que actúan con total independencia.

La Junta de Gobierno delega la administración del Colegio en la Comisión de Administración y consulta los asuntos relacionados con los presupuestos con la Comisión de Asuntos Económicos, y los relacionados con los Estatutos y el desarrollo reglamentario, con la Comisión Permanente de la Junta de Representantes. Además, la Junta de Gobierno puede constituir comisiones asesoras y grupos de trabajo en las diferentes áreas de actividad, con la finalidad de fomentar la participación de los colegiados.

La Comisión de Control tiene encomendadas las funciones ejecutivas de visado, haciendo cumplir las normas que afectan a la actividad profesional de los arquitectos y denunciando ante la Comisión de Deontología las actuaciones que considera sancionables. Mientras, la Comisión de Dictámenes se encarga de emitir informes, dictámenes y resoluciones de consultas realizadas al COAM por otras entidades y Corte de Arbitraje arbitra los casos relacionados con el ejercicio de la actividad profesional del arquitecto que le sean encomendados.

Por su parte, la Comisión de Deontología es el órgano encargado de aplicar el régimen disciplinario, mientras la Comisión de Recursos se encarga de resolver los recursos que puedan interponerse contra los actos del COAM.